[BioTools] PyMOL

우선 사용 가능한 지 확인

# glxgears

※ 아래와 같은 메시지가 나올 경우 사용 불가

# glxgears     ## 하드웨어 가속 여부 확인

Error: couldn't get an RGB, Double-buffered visual

홈페이지 

  : http://www.pymol.org/

다운로드(Open source)

  : http://sourceforge.net/projects/pymol/

# yum install mesa-libGLU-devel.i386 mesa-ligGLU-devel.x86_64 mesa-libGLU.x86_64 mesa-libGLU.i386 glew glew-devel freeglut-devel

# cd /share/apps/

# tar jxvfp pymol-v1.6.0.0.tar.bz2

# cd pymol

# /share/apps/python-2.7.2/bin/python setup.py build install

# ./pymol

일반(GUI)

/share/apps/pymol/pymol -c /home/firefox/Database/PDB/1r/1r28/devide/test.py

클러스터로 분석 시 DISPLAY 문제로 -q 옵션을 사용하여 no GUI 모드로 분석

/share/apps/pymol/pymol -q -c /home/firefox/Database/PDB/1r/1r28/devide/test.py

※ test.py

from pymol import cmd, stored

cmd.load("1r28_A.pdb")

cmd.show(representation="cartoon")

cmd.hide(representation="line")

cmd.png("1r28_A1.png")

cmd.quit()