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Lang_Development/Perl

설치된 펄 모듈 리스트

확인 1 :# vi inst_mod.pl#!/usr/bin/perl use ExtUtils::Installed;my $instmod = ExtUtils::Installed->new();foreach my $module ($instmod->modules()) { my $version = $instmod->version($module) || "???"; print "$module -- $version\n";} # perl inst_mod.plAlgorithm::Munkres -- 0.08Array::Compare -- 2.02Bio -- ???......... 확인 2 :# perl -MExtUtils::Installed -le 'print for ExtUtils::Installed->new->modules..

2012. 6. 7. 09:17
Lang_Development/Perl

[Perl] Perl 모듈 설치

설치 1 :isbyeon # cpancpan> i /LWP/ # 모듈명에 LWP가 붙은 모듈 검색.cpan> i LWP # LWP 모듈의 설치 유무 확인.cpan> install Bundle::LWP # LWP를 번들로 몽땅 설치. # 웹서버의 실행 유무에 따라 에러 메시지가 나온다. # 웹서버가 실행되고 있더라도 jigsaw와 관련해서는 # 에러가 나올 수 있다. 무시하고 강제 설치한다. cpan> force install Bundle::LWP # 강제로 설치한다.cpan> q 설치 2 :isbyeon # perl -MCPAN -e "install "LWP"'isbyeon # perl -MCPAN -e "install "XML::Simple"' 설치 3 :http://search.cpan.org/ 다운..

2012. 6. 6. 17:41
Lang_Development/Perl

BIOPerl 설치

다운로드 : http://bioperl.org설치1 : 소스 컴파일isbyeon # wget http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.bz2isbyeon # tar jxvfp BioPerl-1.6.1.tar.bz2isbyeon # cd BioPerl-1.6.1isbyeon # perl Build.PLisbyeon # ./Build install 설치2 : cpanisbyeon # perl -MCPAN -e shellcpan> d /bioperl/Distribution BOZO/Fry-Lib-BioPerl-0.15.tar.gzDistribution CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gzDistribution CJFIELDS/BioPerl-1.6.901.tar..

2012. 6. 6. 17:29
Lang_Development/Perl

Perl 설치

다운로드 : http://www.perl.org설치 : # wget http://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.16.2.tar.gz# tar zxvfp perl-5.16.2.tar.gz# cd perl-5.16.2#./Configure -des -Dcc=gcc -Dprefix=/usr/local/perl-5.16.2 && make && make test && make install# echo "export PATH=/usr/local/perl-5.16.0/bin/:\$PATH" >> /etc/profile# source /etc/profile# which perl

2012. 6. 6. 17:15
Lang_Development/Python

Biopython 설치

1. Python 설치http://isbyeon.tistory.com/entry/Python-273-%EC%84%A4%EC%B9%98 2. Biopython 설치다운로드 : http://biopython.org설치 :# cd /usr/local/src# wget http://biopython.org/DIST/biopython-1.60.tar.gz# tar zxvfp biopython-1.60.tar.gz# cd biopython-1.60# python setup.py build# python setup.py install 3. 테스트# python>>> from Bio.Seq import Seq>>> from Bio.Alphabet.IUPAC import unambiguous_dna>>> new_seq ..

2012. 6. 6. 16:29
Tools/Bio Tools

Galaxy 설치

0. OS 설치 http://ctrlcv.co.cc/entry/CentOSX8664-62-설치 1. galaxy 사용자 생성 root # useradd galaxy root # passwd galaxy 2. virtualenv 설치 root # easy_install pip root # pip install virtualenv 3. Mercurial Distributed SCM 설치 root # yum -y install mercurial 4. Galaxy 기본 설치 root # mkdir /share/apps/galaxy-dist root # chown -R galaxy.galaxy /share/apps/galaxy-dist root # su - galaxy galaxy $ cd /share/apps ..

2012. 6. 6. 13:13